Adalah disyorkan untuk menyimpan Melanotan-II pada -20 darjah . Suhu rendah memperlahankan kadar tindak balas kimia dan mengurangkan kemungkinan tindak balas dengan faktor persekitaran seperti oksigen dan kelembapan, dengan itu menghalang degradasi, pengoksidaan, atau bentuk kerosakan lain.
Pastikan pembungkusan ditutup rapat semasa penyimpanan untuk mengelakkan kemasukan udara dan lembapan. Elakkan kitaran pencairan-pembekuan berulang, kerana ini boleh membawa kepada pengagregatan peptida, aktiviti berkurangan atau kerosakan struktur, yang kesemuanya menjejaskan keberkesanan. Jika berbilang kegunaan diperlukan, aliquot produk kepada bahagian yang lebih kecil dan dapatkan satu bahagian untuk setiap penggunaan.